根据这些法律规定，司法机关追缴流入慈善组织的涉案财物具有法律依据。不过，我们认为仅依据上述规定并不代表司法机关就应当追缴流入慈善组织的涉案财物。

首先，法律上允许善意取得诈骗财物，可以不予追缴。《最高人民法院关于刑事裁判涉财产部分执行的若干规定》第十条规定，对赃款赃物及其收益，人民法院应当一并追缴。但是，该文件还特别规定，第三人善意取得涉案财物的，执行程序中不予追缴。作为原所有人的被害人对该涉案财物主张权利的，人民法院应当告知其通过诉讼程序处理。最高人民法院、最高人民检察院《关于办理诈骗刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第十条第二款也明确规定他人善意取得诈骗财物的，不予追缴。因此，慈善组织接受捐赠财产如果属于善意取得，司法机关不应当向慈善组织追缴涉案财物。

其次，追缴无偿取得财产是有前提的。根据《最高人民法院关于刑事裁判涉财产部分执行的若干规定》规定，被执行人将刑事裁判认定为赃款赃物的涉案财物用于清偿债务、转让或者设置其他权利负担，具有下列情形之一的，人民法院应予追缴：（一）第三人明知是涉案财物而接受的；（二）第三人无偿或者以明显低于市场的价格取得涉案财物的；（三）第三人通过非法债务清偿或者违法犯罪活动取得涉案财物的；（四）第三人通过其他恶意方式取得涉案财物的。也就是说，司法机关追缴财产是有前提的。如果是慈善组织无偿取得涉案财物的，司法机关应当追缴。

《慈善法》第三十四条规定，慈善捐赠是指自然人、法人和其他组织基于慈善目的，自愿、无偿赠与财产的活动。因此，自然人、法人和其他组织提供慈善捐赠肯定是无偿的，但这并不意味慈善组织取得捐赠财产是无偿的。无论是根据《慈善法》还是捐赠合同，慈善组织接受捐赠的财产都是有义务的，最起码慈善组织应当将接受的慈善财产投入到符合章程业务范围的公益活动或根据捐赠人的意愿合理使用慈善财产。换句话说，第三方捐赠是无偿的，但慈善组织取得财产并不简单认定为无偿。

另外，慈善组织接受捐赠后，还会向捐赠人开具由财政部门统一监（印）制的捐赠票据，当捐赠人完成捐赠后已经发生财产转移甚至完成税收抵扣，慈善组织再退还捐赠款或者根据司法机关要求配合追缴相关犯罪所得财产，不仅在财务上很难处理相关已抵扣票据，而且也严重影响慈善组织正常运营。而且，如果慈善组织已经将涉案财产使用到慈善活动中，慈善组织不是受益人不存在过错，司法机关如坚持向慈善组织追缴涉案财物可能导致慈善组织资不抵债。这显然给慈善组织带来相当大的法律风险甚至灭顶之灾！

综上所述，司法机关虽然有权追缴流入慈善组织的涉案财物，但是我们认为慈善组织接受捐赠并不能简单视为无偿取得。接受捐赠的慈善组织并不是受益人，本质上是慈善组织受托管理慈善财产。这种情况下仍然存在善意取得及其他不予追缴的可能。当然，这个观点仍然存在争议，司法实务中司法机关往往仍会倾向追缴。我们也期待民政部门组织专题研讨并联合司法机关出台相应司法解释或指导案例，明确司法机关在符合若干条件下应对慈善组织接受的捐赠不予以查封追缴。

当然，我们也非常建议慈善组织在接受捐赠时对捐赠方和捐赠财产进行尽职调查。但事实上，作为受赠方过多也只能局限于形式上的审查，没有能力也不可能对捐赠人及其资金进行穿透性实质调查。我们进一步建议，如果慈善组织已经将涉案财产实际使用到慈善活动中，司法机关不应当向慈善组织追缴涉案财物。